Фамилия Карагуйшиев — хороший пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую письменную традицию, приобрело необычную форму. В её основе лежит личное прозвище или имя Карагуйши, которое, скорее всего, является диалектным вариантом более распространённого тюркского имени Карагуш (встречается также вариант Карагус). Карагуш составлено из двух корней: «кара» — «чёрный» и «кош» — «птица». В прямом смысле имя переводится как «чёрная птица», но у ряда тюркских народов так называют орла-беркута.

Интересна не только семантика корня, но и суффикс, которого нет в исходном имени. К основе Карагуйши присоединили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность: «сын Карагуйши». А вот откуда взялось «-ий-» в середине? Скорее всего, это результат бытового искажения или адаптации трудного для русского уха звукосочетания. Записывая имя на слух, писарь или переписчик мог осмыслить его как Карагуйша, отсюда и форма Карагуйшиев. Такие фонетические сдвиги — обычное дело для фамилий, возникших на стыке языков.

Есть две версии происхождения самого имени. Первая — тотемическая: у некоторых тюркских народов существовал обычай называть детей в честь сильных или почитаемых животных и птиц, чтобы передать им их качества. Орел-беркут — птица смелая и зоркая, имя могло быть пожеланием мальчику вырасти таким же. Вторая версия — топонимическая: в Башкортостане есть село Карагуш. Основатель рода Карагуйшиевых вполне мог получить прозвище по месту, откуда он родом. Какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогического поиска сказать сложно. Фамилия — памятник восточной культуры, но её окончательная привязка к местности и точное время появления требуют серьёзных архивных изысканий.