Фамилия Карагуйшиев образована от именования Карагуйши, которое, предположительно, является диалектной формой тюркского мужского имени Карагуш (Карагус), которое восходит к татарским словам «кара» - «черный» и «кош» - «птица». Таким образом, имя Карагуш переводится как «черная птица» - так, у некоторых тюркских народов называется орел-беркут. Возможно, возникновение имени Карагуш связано с явлением тотемизма. Кроме того название Карагуш носит село, расположенное в Башкортостане. Соответственно, основатель рода Карагуйшиевых мог быть выходцем из этого поселения.