Фамилия Каракешишев — редкий пример тюркско-армянского скрещения в русской ономастике. Её основа восходит к двум корням: тюркскому «кара» (чёрный, тёмный, а в переносном смысле — простой, народный) и армянскому «кешиш» (священник, поп). Таким образом, Каракешиш — это прозвище, которое можно перевести как «чёрный священник» или «простой поп». В тюркских языках «кара» нередко указывало на смуглый цвет кожи или волос, а также на низкое социальное положение — в отличие от «ак» (белый, знатный). В армянской среде «кешиш» обозначало священнослужителя, часто невысокого ранга, сельского попа. Соединение этих слов даёт прозвище, которое могло закрепиться либо за смуглым священником, либо за человеком, чей отец или дед был сельским попом из числа армян, живших в тюркоязычном окружении.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: от прозвища или имени отца (Каракешиш → сын Каракешиша → Каракешишев). Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде, где русский язык был официальным, а носители — выходцами из регионов со смешанным населением: Закавказья, Северного Кавказа или юга России. Фамилия не могла возникнуть в чисто армянской или тюркской среде, потому что там использовали бы другие патронимические суффиксы (например, армянский -ян или тюркский -оглы). Значит, её носители — это армяне или тюрки (возможно, греки-урумы), которые к XIX — началу XX века попали в русскую административную систему и получили фамилию по отцу.

Географически фамилия Каракешишев встречается в основном на юге России и в Закавказье, особенно в Краснодарском крае, Ставрополье и Ростовской области. В дореволюционных источниках она фиксируется среди армянского населения Кубани и Терской области, куда армяне переселялись из Крыма и Турции. Встречается и вариант Каракешишьянц — более армянский по форме, но Каракешишев прижился именно в русскоязычной среде. Это редкий случай, когда прозвище, образованное из двух языков, не утратило исходного смысла и не переосмыслилось в бытовой речи, как часто бывает с заимствованными фамилиями.