Фамилия Каракешишян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели «прозвище + патронимический суффикс». Её основа — прозвище Каракешиш, которое сложилось из двух турецких слов: «кара» («чёрный», «грозный») и «кешиш» («христианский монах, священник»). Такое прозвище могло указывать одновременно и на род занятий человека, и на его характер: либо на тёмный цвет одежды или суровый нрав, либо на то и другое вместе. Армянский суффикс -ян (в диалектной форме -ян) в фамилиях такого типа изначально означал «из семьи» или «из рода такого-то», так что Каракешишян — это «из рода Каракешиша».

История этого прозвища не умозрительна: сохранились сведения о конкретном носителе. В конце XVII века в деревне Согутлу провинции Кабала Ширвана жил священник по имени Барсег. Тюрки называли его «кара-кешиш» — чёрный священник. Барсег был выходцем из карабахской провинции Хачен и принадлежал к роду местных меликов (армянской наследственной знати). Он, обуреваемый княжеским честолюбием, обратился к шаху в Исфахан и получил фирман на меликство — то есть официально стал правителем. Его сын Касаб-Курбанали пошёл по другой стезе и был простым мясоторговцем. Но именно от этого торговца родился Хаджи Челеби, который стал родоначальником могущественных ханов Ширвана. Так прозвище «чёрный священник» перешло в фамильный титул и дало начало целой династии.

Таким образом, фамилия Каракешишян — не просто указание на предка-монаха, а звено в цепи, ведущей от армянского мелика XVII века к правителям Ширвана. В самой фамилии застыла история честолюбия, власти и смены сословий.