Фамилия Карапиря — один из тех случаев, когда разбор упирается не в суффикс, а в корень, и это сразу заводит в область прозвищ и заимствований. Фамилия явно не из числа древних боярских или церковных, а скорее прозвищная, причем с очень конкретной географической привязкой — украинские, молдавские и южнорусские земли.

Ключ к пониманию — основа «карапир» или «карапір». В украинских и молдавских говорах «карапір» или «керепір» — это перевертыш, нелюдим, бирюк, а также, по некоторым данным, так могли называть человека с неопрятной, взлохмаченной головой (от «пир» — пух, перхоть? или от диалектного «пір'я» — перья, в смысле «растрепа»). Есть и более прозаичная версия: от румынского/молдавского «carapir» — «скорлупа», «черепаха», то есть прозвище медлительного или замкнутого человека, который «носит свой панцирь». В пользу молдавского влияния говорит и суффикс -я, который в восточнославянских фамилиях часто встречается именно на западе Украины, в Молдове и на Буковине (сравните: Мазуря, Гуля, Криворучка). Это не типичный русский суффикс -ов/-ев, а характерный для украинской и молдавской ономастики способ оформления прозвища в фамилию.

Таким образом, модель образования проста: прозвище Карапиря (человек, которого так дразнили) перешло на потомков без дополнительных суффиксов. В среде казачества и крестьянства Правобережной Украины и Бессарабии такое «голое» прозвище-фамилия было нормой. Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком нелюдимым, замкнутым или, наоборот, медлительным, за что и получил это меткое прозвище. Никаких сословных привилегий или дворянских корней у этой фамилии не прослеживается — это стопроцентно крестьянская или мещанская фамилия, «низовая», что, впрочем, делает её историю более живой и конкретной.

Спорных версий тут две: «кара» как «черный» (тюркское) и «пир» как «пиршество». Соблазнительно сложить «черный пир», но это натяжка. Тюркский корень «кара» в украинских прозвищах встречается (Карась, Караван), но в паре с «пиром» он не дает осмысленной бытовой картинки, а прозвища в народе давали по поведению или внешности, а не по абстрактным образам. Версия с «черепахой» или «нелюдимом» куда правдоподобнее.