Фамилия Каражоджаева — характерный пример сложения двух тюркских корней, где первый указывает на цвет или качество, а второй — на титул или социальный статус. Основа «кара» в тюркских языках означает «чёрный», но в ономастике это слово часто служит не цветовым определением, а указанием на «старшего», «главного», «сильного» или «простого, незнатного» человека. Второй корень — «ходжа» (в русской передаче «кажо» или «кожа») — восходит к персидскому «хваджа»: господин, хозяин, наставник, а в мусульманской среде — почётное звание для купца, учителя или потомка пророка. Таким образом, «Кара-ходжа» могло означать «старший ходжа», «чёрный ходжа» (по цвету одежды или бороды) либо, напротив, «простой ходжа» — то есть человек, носящий почётное звание, но не из высшей знати.

Суффикс «-ев» (с вариантом «-ова» в женской форме) — стандартный русский патронимический формант, который в XIX–XX веках присоединяли к тюркским и кавказским фамилиям при русификации. Изначально фамилия должна была звучать как Каражоджа, Каражожа или Каражакы, а окончание «-ев» добавили при записи в российских документах. Встречается и вариант написания «Каражожаев», но с буквой «д» (Каражоджаев) — более точная передача исходного произношения, где аффриката «дж» сохраняется.

Географически фамилия тяготеет к Центральной Азии: Казахстан, Киргизия, Узбекистан, а также к тюркоязычным общинам на Кавказе (кумыки, ногайцы). В России она редка и встречается преимущественно у потомков переселенцев из этих регионов. В советское время носители фамилии часто меняли окончание на «-ов» (Каражоджаов), но это не стало массовым.

Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, относились к прослойке духовных лиц или зажиточных торговцев. Звание «ходжа» давало определённые привилегии, но не делало человека аристократом — в отличие от «султана» или «бека». Поэтому Каражоджаевы — это, вероятно, род сельских или городских уважаемых людей, не входивших в высшую знать, но занимавших заметное место в общине.