Фамилия Каргалина — одна из тех, где географический корень перевешивает все остальные версии. Основа — «каргал» или «каргала», а это прямой указатель на топоним: река Каргалка в Оренбуржье, село Каргала в Татарстане, а главное — историческая Каргала, она же Сеитов посад, крупное торговое поселение под Оренбургом. Фамилия могла возникнуть у человека, который оттуда родом или держал там двор. Форма на -ин типична для восточнорусских и поволжских фамилий: она отвечает на вопрос «чей?» — чей сын? Каргалин, то есть сын Каргалы. При этом само прозвище «Каргала» в тюркских языках означает «ворона» или «галка», но в русской ономастике прозвищные фамилии от названий птиц обычно оформляются иначе (Карганов, Каргин). Здесь же суффикс -ин при топониме встречается сплошь и рядом: Москвин, Тверитин, Казанцев — все они образованы от названий мест. Поэтому версия с географическим происхождением выглядит убедительнее, чем прямая зоологическая.

Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилия встречается почти исключительно в Оренбургской и Уфимской губерниях, что совпадает с ареалом расселения оренбургских казаков и татар-тептярей. Носителями часто оказывались люди из смешанных русско-татарских семей или крещёные татары. Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее крестьянская или мещанская, но с чёткой привязкой к юго-восточной окраине России. Сравните с однокоренной фамилией Каргальский: та оканчивается на -ский и чаще встречается у польской шляхты, а Каргалина — подчёркнуто простонародный вариант, без претензий на благородство.

В словарях Б. Унбегауна эта фамилия не разбирается отдельно, но модель «топоним + -ин» описана как одна из самых продуктивных в XVI–XVII веках, особенно на востоке страны. Так что если вы Каргалина, ваши предки с высокой вероятностью жили в Поволжье или Приуралье, и фамилия досталась им не от птицы, а от места, где стоял дом.