Фамилия Каргалинина — редкий случай, когда суффикс не просто указывает на принадлежность, а сохраняет в себе целую грамматическую конструкцию. Это женская форма фамилии Каргалинин, которая образована по модели «чей?»: от прозвища или имени Каргаля (или Каргала) с помощью суффикса -ин. Но если присмотреться, в основе лежит не просто корень «каргал-», а более сложное слово. Скорее всего, исходная форма — Каргала или Каргаля, что на тюркских языках означает «ворона» (карга). В русских говорах, особенно в южных и сибирских, «карга» — это не только птица, но и бранное прозвище для сварливой, злой старухи. Однако прозвище Каргала могло закрепиться и за человеком с темными волосами, похожим на ворону по цвету, или за тем, кто каркал, говорил хрипло.

Интересна и вторая часть — суффикс -ин-ин. Это не двойной суффикс, а наращение: к основе Каргал- добавили уменьшительный или уничижительный суффикс -ин (как в словах «скотина», «детина»), а затем уже фамильный -ин. Получается, что Каргалинин — это буквально «сын того, кого звали Каргаля» или «сын Каргалы», где Каргаля — производное от «карга» с оттенком пренебрежения. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища часто давали по внешним чертам или поведению.

Географически фамилия привязана к Поволжью и Уралу, где тюркское влияние на русскую речь было сильным. Встречается она и у казаков, особенно оренбургских и уральских, где прозвищный фонд был богат заимствованиями из башкирского и татарского языков. В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Каргалинина нет, но однокоренные Каргалов, Каргаев, Каргаполов (где «пол» — половина, то есть «пол-карги») встречаются. Каргалинина стоит в этом ряду как более редкая, суффиксально усложненная форма.

В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Таким образом, предки современного Каргалинина — это, скорее всего, русские крестьяне или казаки, жившие в смешанной этнической среде, где прозвище «Каргаля» закрепилось за родоначальником из-за его внешности или характера, а потом перешло в фамилию через поколения.