Фамилия Карклинь — редкий пример фамилии, образованной от балтского или финно-угорского корня, а не от славянского. Её основа — «каркл-» — восходит к латышскому kārkls («ива, ракита») или литовскому karklas («верба, лозняк»). В прибалтийских говорах так могли прозвать человека, жившего у ивняка, либо того, кто занимался плетением из лозы — корзинщика или плетельщика изгородей. Менее вероятна, но возможна связь с литовским karkti («хрипеть, каркать») — тогда прозвище относилось к обладателю хриплого голоса.

Суффикс -и-нь (в исходной форме — Kārkliņš) — типичный уменьшительно-ласкательный для латышских фамилий, часто встречающийся в Латгалии и Курземе. В русской записи «Карклинь» потерял долготу гласной и специфический латышский знак над «н», но сохранил мягкий знак на конце, что указывает на мужскую форму. Женский вариант, по латышской традиции, звучал бы как Kārkliņa (в русской передаче — Карклиня).

Географически фамилия почти не встречается за пределами Латвии и приграничных районов Псковской области. В дореволюционных метриках носители Карклинь часто записаны как латышские крестьяне или мещане, реже — как ремесленники. После переселения части латышей в Сибирь и на Дальний Восток в конце XIX — начале XX века отдельные ветви могли оказаться за Уралом, но это единичные случаи.

С точки зрения словообразовательной модели, Карклинь стоит в ряду фамилий, образованных от названий растений (ср. с русскими Берёзкин, Осинин), но с иным суффиксальным оформлением. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где основа указывает на принадлежность отцу («чей сын»), латышский суффикс -iņš/-iņa изначально уменьшительный и мог передавать не столько родство, сколько прозвищную характеристику: «маленький, молодой, сын того, кто связан с ивой». Поэтому фамилию стоит читать не как «сын Каркля», а как «маленький ивняк» или «сын ивняка» — в переносном смысле.

В современной Латвии фамилия Kārkliņš входит в число распространённых, но в России остаётся экзотической. Её носители, как правило, потомки латышских переселенцев или люди, чьи предки сменили написание на русский манер при паспортизации в советское время.