Фамилия Каркута звучит необычно для русского уха — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Её основа сразу выдаёт южное или украинско-белорусское происхождение. В украинском и белорусском языках «каркута» означает ворону, галку, а в некоторых говорах — каркающую птицу вообще. Слово явно звукоподражательное, от глагола «каркати» — каркать.

Скорее всего, фамилию дали человеку с хриплым, резким голосом — картавому или тому, кто говорил громко и отрывисто. В народной среде прозвища по голосу или манере речи давали очень часто: Каркута, Крикун, Шептун, Говорун. Не исключён и вариант, что прозвище получил человек, который держал ворон или галок, — в деревнях таких «птичников» тоже называли по птице.

Модель образования простая: основа «каркут-» и окончание -а, типичное для украинских и белорусских фамилий. Сравните: Шевчук, Гончар, Коваль — все они без суффикса, чистая основа. На русской почве такую фамилию могли «обрусить», добавив -ов: Каркутов, но форма Каркута осталась как исходная, южная.

Встречается фамилия в основном на Украине, в Беларуси и в южных областях России — Ростовской, Воронежской, Краснодарском крае. В документах XVIII–XIX веков попадаются записи о казаках Каркута на Запорожье и в Слобожанщине. Это даёт основание предполагать, что предки носителя фамилии могли быть казаками или крестьянами чернозёмной полосы.

Если копнуть глубже, есть ещё одна, менее очевидная версия: в польском языке «karkuta» — это затылок, загривок. Но она слабая и не подкреплена массовой географией фамилии. Основной и правдоподобный корень — птичий, голосовой.