Фамилия Карлин — одна из тех, что указывает на западноевропейские корни предка. В основе, скорее всего, лежит имя Карл, которое у православных славян не употреблялось. Отсюда и главная версия: основатель рода был сыном шведа, немца или другого иностранца по имени Карл. В средневековой России имя Карл даже стало нарицательным — так называли приезжих из Западной Европы, в основном немцев. Соответственно, именование Карла могло быть не столько личным именем, сколько прозвищем, указывающим на национальность.

Менее вероятна, но тоже возможна версия, связывающая фамилию с прозвищем Карла, Карло — так в старину могли называть людей маленького роста от нарицательного «карла» (уменьшительная форма от «карлик»). Однако в пользу «иностранной» гипотезы говорит география ранних носителей. В документах начала XX века встречаются, например, Карлин Алоиз Карлович (родился в 1904 году в АССР Немцев Поволжья в городе Марксштадт), Карлин Альберт Михайлович (родился в 1928 году), Карлин Андрей Андриасович (родился в 1885 году в Самарской губернии в селе Розенталь). Эти записи прямо указывают на немецкие колонии Поволжья, где имя Карл было обычным.

Обратим внимание на суффикс -ин. В русских фамилиях он обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Карлин, то есть сын или потомок Карла. Если бы фамилия происходила от прозвища Карла (карлик), суффикс был бы тем же, но семантика изменилась бы: «чей сын?» — сын Карлы. Но в случае с фамилией Карлин обе версии сходятся на том, что основа — не славянского происхождения, а заимствована либо как имя, либо как прозвище по внешнему признаку, которое тоже могло прийти из немецкой среды (немецкое «der Zwerg» — карлик). В любом случае, фамилия Карлин — яркий маркер того, что её носитель имеет предков, связанных с немецкими или скандинавскими землями, а сама фамилия закрепилась в русском языке как обозначение «человека из рода Карла».