Фамилия Карнаухие напрямую связана с прозвищем Карнаухий. В старину так называли человека с отрезанным или изуродованным ухом. Прилагательное «карнаухий» сложилось из двух частей: корня «карн-» (от тюркского «къарн» — «обрубок, укороченный») и «ух-», указывающего на ухо. Таким образом, прозвище описывало вполне конкретную физическую примету — отсутствие или повреждение ушной раковины.

Такая особенность могла появиться по разным причинам. В бою или в драке ухо могли отрубить саблей, отсечь в наказание за преступление (например, за кражу или разбой) или в результате несчастного случая. На южных и казачьих территориях, где тюркское влияние было сильнее, прозвище Карнаухий встречалось чаще — там и боевые столкновения были делом обычным, и контакты с носителями тюркских языков — постоянными.

Фамилия Карнаухие закрепилась за потомками этого человека уже как родовое имя. По модели образования она относится к типично славянскому типу фамилий на -их/-ых, который распространён в северных и центральных областях России, а также в Сибири. Такие фамилии отвечали на вопрос «чьи?» и указывали на принадлежность целому роду: Карнаухие — значит «дети и домочадцы Карнаухого».

Говорить о точном времени возникновения фамилии сложно: прозвища, лёгшие в её основу, бытовали в разных землях веками. Достоверно известно, что в казачьей среде фамилия встречается как минимум с XVII века — в реестрах запорожских и донских казаков нередко упоминаются люди с таким прозвищем. Однако окончательные выводы о месте и дате появления фамилии для конкретной семьи можно сделать только после углублённых генеалогических изысканий.