Фамилия Карнаухов — один из тех случаев, когда прозвище, данное по внешнему признаку, закрепилось в роду и превратилось в наследственное имя. Основа здесь прозрачная: украинское или южнорусское прозвище Карнаух. В нём легко угадываются два корня: глагол «карнать» (резать, обрезать, стричь накоротко) и существительное «ухо». Карнаухом в старину называли человека с отрезанным, изуродованным или отсутствующим ухом.

Такое прозвище могли дать не только в результате драки или наказания. В казачьей среде, например, отрезанное ухо было распространённой боевой отметиной — знаком бывалого воина. Реже прозвище закреплялось за тем, кто носил серьгу в ухе (на юге это часто делали мужчины), но основная версия всё же связана с физическим недостатком.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе «Карнаух» добавили патронимический суффикс -ов, указав на принадлежность — «сын Карнауха». В украинской среде та же фамилия могла писаться без суффикса — просто Карнаух, а в русской традиции закрепилась именно форма на -ов.

Любопытно, что прозвище Карнаух встречается в документах XVI–XVII веков. Например, в реестрах запорожских казаков упоминаются носители этого прозвища. Это значит, что фамилия имеет давнюю историю и не привязана к какому-то одному региону — она встречается и на Украине, и в южных областях России, и даже на Дону.

В отличие от многих фамилий, где корень затемнён или утрачен, здесь этимология сохраняет наглядность: любой носитель фамилии Карнаухов может представить, какая внешняя особенность выделяла его далёкого предка.