Фамилия Карнаухий образована напрямую от прозвища Карнаухий, которое в свою очередь восходит к нарицательному прилагательному «карнаухий». В русских говорах это слово имело конкретное и недвусмысленное значение — «человек с отрезанным, изуродованным или отсутствующим ухом». Прозвище давали не только тому, кто лишился уха в драке или в результате наказания, но и человеку с заметным шрамом или деформацией ушной раковины. В старину такие внешние приметы были очень цепкими: они моментально становились уличным прозвищем, а затем закреплялись за потомками уже как фамилия.

Слово «карнаухий» имеет интересную внутреннюю форму. Первая часть «карн-» родственна древнерусскому «корный» — «обрубленный, короткий». Вторая часть — «ухо». Таким образом, буквально прозвище означало «короткоухий» или «обрубленноухий». Эта модель словообразования хорошо знакома носителям языка: по тому же принципу сложены слова «кособокий», «криворотый» или «долгорукий». В ономастике такие прозвища относят к разряду характеризующих — они описывали яркую внешнюю черту человека.

Фамилия Карнаухий закрепилась в форме чистого прилагательного, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это характерно для украинской и южнорусской традиции фамилеобразования, где прозвище часто переходило в фамилию без изменений. Встречаются и варианты с русским окончанием — Карнаухов, но форма Карнаухий сохранилась именно в тех регионах, где сильны были малороссийские говоры: на Слобожанщине, в Курской и Воронежской губерниях, а также на Кубани.

Сам факт, что прозвище дали по уху, не обязательно указывает на криминальное прошлое предка. В средневековой Руси отрезание уха было распространённым видом наказания за воровство и разбой, но не менее часто ухо теряли в кулачных боях, при падении с лошади или во время военных стычек. Кроме того, существовала традиция «метить» ухо скота — у человека с таким прозвищем могла быть просто заметная метка от рождения или травмы. Поэтому представитель рода Карнаухих может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении индивида, пусть и через необычную внешнюю примету.