Фамилия Карнаухова имеет украинское происхождение и происходит от прозвища Карнаух. Оно, в свою очередь, образовано от глагола «карнать», т.е. «обрезать, обстригать», и существительного «ухо». В старину Карнаухом называли человека с отрезанным или изуродованным ухом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Карнаух, со временем получил фамилию Карнаухова.