Фамилия Корнаухова образована от прозвища Карнаухий — так в старину называли человека с отрезанным или изуродованным ухом. Прозвище было настолько распространённым, что закрепилось в качестве основного именования, а затем легло в основу фамилии. В современном написании — Корнаухов — отразилась народная произносительная норма: безударное «а» в первом слоге заменило исходное «о» (Карнаухий → Корнаухов). Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Карнаухого».

Слово «карнаухий» имеет тюркские корни: «кар» — снег, «кулак» — ухо (буквально «снежное ухо», то есть обмороженное). В русских говорах так называли не только человека с покалеченным ухом, но и того, кто плохо слышит. Встречается и вариант «карноухий» — от «карный» (наказанный) и «ухо». Таким образом, прозвище могло быть дано и за физический недостаток, и за особенность слуха, и как память о наказании.

Фамилия Корнаухова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду. Мужской вариант — Корнаухов. Встречается в основном в южнорусских и поволжских регионах, где были сильны тюркские языковые влияния. Редкая фамилия: в современных справочниках не входит даже в первую тысячу по частотности.

В отличие от многих фамилий на -ов, образованных от крестильных имён, Корнаухова происходит именно от прозвища — яркого, бытового, нередко ироничного. Такие фамилии давали не по отцу, а по характерной примете самого человека. Поэтому предок Корнауховых, скорее всего, был заметен в своей среде: либо из-за травмы уха, либо из-за глуховатости, либо из-за того, что пережил суровое наказание.