Фамилия Корнауховы — один из тех редких случаев, когда прозвище предка сохранилось в почти неизменном виде, обросло суффиксом и закрепилось в документах. В основе фамилии лежит прозвище Корнаухий (в диалектном произношении — Карнаухий). Это прилагательное на славянской почве имело одно прямое значение: «человек с отрезанным, отрубленным или изуродованным ухом». Так могли прозвать и казака, потерявшего ухо в сабельной рубке, и крестьянина, наказанного по старому русскому обычаю — урезанием уха за кражу или другой проступок. В некоторых говорах «карнаухий» означало также «имеющий рваное, куцое ухо» — например, у собаки или лошади, но по отношению к человеку прозвище чаще указывало именно на физическую примету.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища Корнаухий через суффикс -ов. Форма Корнауховы — это множественное число, обозначающее род или семью: «чьи будете?» — «Корнауховы», то есть потомки того самого Корнаухого. Важно, что в старых документах фамилия нередко писалась через «а» — Карнаухов. Оба варианта, Карнаухов и Корнаухов, восходят к одному корню и различаются лишь диалектным аканьем или закреплением на письме. В XIX веке, с унификацией документов, часть ветвей рода записали через «о», часть сохранили «а», поэтому сегодня обе формы считаются самостоятельными фамилиями, хотя генетически они близки.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «корнаух-» плюс фамильный суффикс -ов. Такая модель типична для восточнославянских фамилий, возникших в XV–XVII веках в среде служилых людей, казачества и крестьянства. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, суффикс -ов присоединяется к прилагательным и существительным мужского рода с твёрдой основой. Фамилия не княжеская и не боярская — она бытовая, «прозвищная», что указывает на происхождение из простонародной или казачьей среды. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются как типичные для северных и южнорусских говоров, где прозвища по физическим недостаткам не считались оскорбительными, а служили точным идентификатором человека.

Известные носители фамилии встречаются в разных регионах, но особенно часто — на Дону, Кубани и в Поволжье, где казачьи переписи фиксировали множество «карнаухих» и «корнаухих». В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Воронежской, Саратовской и Оренбургской губерниях. Точное время возникновения конкретной ветви Корнауховых без архивных изысканий назвать невозможно, но сам тип фамилии (прозвище + -ов) указывает, что она оформилась не позднее XVII века.