Фамилия Карнауховы — один из ярких примеров того, как прозвище, данное по внешнему признаку, закрепилось в роду и пережило века. В основе фамилии лежит прилагательное «карнаухий», то есть человек с отрезанным или изуродованным ухом. Слово составное: первая часть происходит от глагола «карнать» (обрезать, остригать), вторая — «ухо». В том же ряду стоят слова «корнокрылый», «корнохвостый», «корнорукий», «корнопалый» — все они описывали физическую особенность, полученную в результате травмы или наказания.

Чаще всего Карнаухим становился тот, кто прошёл через телесную расправу. В старину, «дабы иным неповадно было так делать» (цитата из указа), вырывали ноздри, вырезали языки, отрезали уши и носы. Массовый характер такие наказания носили после подавления восстаний Степана Разина и Емельяна Пугачёва — поэтому не исключено, что предок-Карнаухов был одним из повстанцев, оставивших след не только в истории, но и в фамильном прозвище.

Впрочем, есть и другая версия: Карнаухий могло быть не прозвищем, а мирским охранительным именем. На Руси детей нередко называли «плохими» словами, чтобы обмануть злых духов: мол, такой ребёнок никому не нужен, пусть живёт незаметно. Если имя давалось как оберег, оно не отражало реального недостатка, а служило защитой.

Одно из ранних письменных упоминаний родственных фамилий относится к началу XVII века. В документах 1624 года города Курмыш значится крестьянин Аким Корноухов — обратите внимание на вариант с корнем «корн-», который чередуется с «карн-». Такие колебания в написании типичны для русских говоров: в одних диалектах говорили «карнать», в других — «корнать», отсюда и разница в фамилиях. Сегодня фамилии Корноухов и Карнаухов существуют параллельно, хотя вторая встречается чаще.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий: так называли по отцу или главе семьи. Карнаухов — буквально «сын Карнауха», то есть потомок человека с прозвищем Карнаухий.

Среди известных носителей фамилии — Михаил Михайлович Карнаухов (1892–1955), российский учёный, академик АН СССР, и Евгений Александрович Карнаухов (1917–1984), актёр театра и кино, народный артист Белорусской ССР. Но окончательно говорить о том, где и когда именно возникла фамилия в конкретном роду, можно лишь после серьёзного генеалогического исследования: процесс её формирования был длительным и не всегда привязан к одной местности.