Фамилия Корнюкова — отчество второго порядка, то есть «внучья» фамилия: Корнюков — сын Корнюка, внук Корня. Такая модель образования типична для русских фамилий: прозвище отца становилось основой для фамилии сына, а затем закреплялась за внуком. В основе лежит прозвище Корнюк, которое напрямую связано с нарицательным «корень» — часть любого растения. Но едва ли предка прозвали так за ботанические познания: в переносном смысле «корень» означал «упрямый, суровый человек» или, по другой версии, «скупой». Оба значения встречаются в северных и центральных говорах, где слово «корень» использовали для характеристики человека с тяжелым, несговорчивым нравом или того, кто «гнет свою линию», как корень в земле.

Менее вероятно, что прозвище имело профессиональную подоплеку — например, относилось к человеку, занимавшемуся корчеванием пней или заготовкой кореньев, но в таком случае скорее появилась бы фамилия Корнев или Коренев. Суффикс -юк в прозвище Корнюк характерен для украинского и южнорусского влияния: он уменьшительно-уничижительный или, наоборот, указывает на принадлежность («корневой человек»). Встречается он в фамилиях, образованных от прозвищ на западе России и в Белоруссии.

Географически фамилия Корнюкова чаще всего фиксируется в Смоленской, Брянской и Псковской областях — то есть как раз в зоне, где пересекались русские и белорусские говоры. Там суффикс -юк не редкость, и фамилия могла возникнуть самостоятельно в разных семьях. В написании с окончанием -ова фамилия стоит в женском роде; мужской вариант — Корнюков. В документах XVII–XVIII веков это прозвище встречается у крестьян и посадских людей, что согласуется с общей картиной: фамилии на -ов/-ев у непривилегированных сословий закрепились позже, чем у дворянства.

Таким образом, фамилия Корнюкова прямо указывает на прозвище предка — Корнюк, а то, в свою очередь, на его характер: скорее всего, упрямый и суровый человек, которого в деревне прозвали Корнем за несгибаемость или скупость.