Фамилия Карпсеитов образована по характерной для восточных, прежде всего тюркских, языков модели. Её основа — составное имя или прозвище, которое можно разделить на две части: «Карп» и «сеит». Первая часть, «Карп», — это не рыба, а личное имя, восходящее к древнегреческому Карпос («плод»). В тюркской среде оно могло быть заимствовано через христианские или мусульманские традиции. Вторая часть — «сеит» — вариант титула «сеид» или «саид», который у мусульман означает «господин», «потомок пророка». Таким образом, имя Карпсеит могло означать «Карп-господин» или «плод господина» — составное антропонимическое имя, где вторая часть уточняла статус или происхождение.

Русский суффикс -ов превратил это имя в фамилию: Карпсеитов — буквально «сын (потомок) Карпсеита». По такой же модели, от тюркских прозвищ и имён, образованы известные фамилии: Тургенев (от «турген» — быстрый), Аксаков (от «аксак» — хромой), Булгаков (от «булгак» — беспокойный). Фамилия Карпсеитов — такой же памятник восточной культуры, вобравший в себя и греческое, и арабское влияние.

Точное место и время возникновения фамилии установить без архивных разысканий сложно. Носители могли жить в среде татар, башкир или других тюркских народов, принявших православие и получивших фамилию по отцу. В любом случае, Карпсеитов — редкий пример, где в одной основе соединились античное имя и мусульманский титул, а русский суффикс сделал её привычной для уха.