Фамилия Карпунькин ведет свое начало от канонического мужского имени Карп, которое образовано от греческого «karpos» – «приносить пользу». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых — Карпунька — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпунька, со временем получил фамилию Карпунькин.