Фамилия Карпунькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Карпунькин послужило церковное имя Карп. Фамилия Карпунькин ведет свое начало от канонического мужского имени Карп, которое образовано от греческого «karpos» – «приносить пользу». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых — Карпунька — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпунька, со временем получил фамилию Карпунькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Карпунькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Карпунькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.