Фамилия Карпункин на первый взгляд кажется простой, но её разбор — хороший пример того, как в русском языке работают уменьшительные суффиксы. В основе лежит имя Карп — это каноническое христианское имя, пришедшее из греческого (karpos — «плод»). Однако фамилия образовалась не напрямую от полной формы, а от производной — Карпунка. Суффикс -ун- в данном случае не столько прозвищный (как в словах «говорун», «бегун»), сколько уменьшительно-ласкательный, характерный для обиходных народных форм имён: Карп → Карпуня → Карпунка. А вот финальный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Карпунки.

Словообразовательная цепочка здесь длиннее, чем у фамилий вроде Карпов или Карпин. Если Карповы — прямые потомки человека по имени Карп, то Карпункины — потомки того, кого в семье или в деревне звали уменьшительно Карпунькой. Такая модель (имя на -ун + -ка + -ин) встречается реже, чем стандартные -ов/-ев, и часто указывает на более позднее закрепление фамилии или на её севернорусское происхождение — в северных говорах уменьшительные формы на -ун(я) были особенно употребительны.

По сословной принадлежности определённых данных нет, но суффикс -ин чаще встречался у крестьян и мещан, чем у дворянства. Носитель фамилии Карпункин в XVII–XIX веках с высокой вероятностью был крестьянином или ремесленником из центральных или северных губерний России. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась достаточно редкой — это говорит о том, что родоначальник, вероятно, не был многочисленным или фамилия закрепилась в одной конкретной местности без массовой миграции носителей.

В написании фамилии возможна путаница: встречается вариант Карпунькин (с мягким знаком), который фонетически почти идентичен, но морфологически отличается — там суффикс -ин присоединяется к основе Карпунька. Оба варианта восходят к одному корню, но «Карпункин» (без мягкого знака) выглядит более архаичным, с твёрдым произношением согласного, что характерно для южнорусских говоров.