Фамилия Карпункова — редкий случай, когда прозвищная основа сохранила уменьшительный суффидж, почти не встречающийся в современных фамилиях. В её основе лежит слово «карпунк» — так в народе называли маленького, щуплого или невзрачного человека, проводя аналогию с мелкой рыбёшкой. Карпунька, карпунек — это пренебрежительное или шутливое обозначение карпа, но не крупного, а малька или подросшего малька. В некоторых говорах «карпун» могло означать и самого карпа, но с оттенком уменьшительности. Таким образом, прозвище Карпунок или Карпунка давали либо низкорослому мужчине, либо человеку, который промышлял ловлей мелкой рыбы, либо тому, кто напоминал окружающим эту рыбу внешностью или характером — например, был молчалив, скользок или упрям.

Суффикс -ов- в фамилии Карпункова указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Карпунков, то есть сын или потомок Карпунка. Фамилия закрепилась в мужской форме — Карпунков, а женская — Карпункова — образована от неё по грамматическому роду. Такая модель характерна для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ов/-ев доминируют. Однако сама основа редка: в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) нет прямого упоминания «карпунок» как типового прозвища, что подтверждает локальный или единичный характер этой фамилии. Скорее всего, она возникла в одной семье или в узкой местности, где прозвище прижилось и передалось детям.

Интересно, что фамилия Карпункова не связана напрямую с именем Карп (разговорная форма от Карп, уменьшительное от греческого «Карпос» — плод). Хотя имя Карп было распространено в русских святцах, от него образовались фамилии Карпов, Карпухин, Карпушкин. Карпункова же стоит особняком: суффикс -унк- нехарактерен для уменьшительных форм имени (обычно Карпуша, Карпунька). Это дополнительно подтверждает, что основа — не имя, а именно прозвище от названия рыбы. В ономастике такие «рыбные» фамилии встречаются (Щукин, Окунев, Ершов), но Карпункова — пример более сложной, двухступенчатой модели: сначала прозвище от рыбы, затем его уменьшительная форма, и лишь потом фамилия.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где карп (сазан) был промысловой рыбой. Встречается она крайне редко — по данным открытых источников, носителей Карпунковых и Карпунковых по всей России не более нескольких десятков семей. Это фамилия без громкой истории, без известных дворянских корней или литературных героев. Её ценность в другом: она сохранила живую народную речь, меткое прозвище и редкую словообразовательную конструкцию, которую не встретишь в массовых фамилиях.