Фамилия Карсакин образована по простой и распространённой модели: к основе добавили суффикс принадлежности -ин, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?» и указывает на родство с отцом или главой семьи. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Карсака, а Карсакин — это «сын Карсаки» или «человек из рода Карсаки».

Самая вероятная версия происхождения прозвища — от тюркского слова «карсак». В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, карсак (или карсака) — это степная лисица, корсак. Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство (рыжеватый цвет волос, хитроватый прищур, лисья повадка) или за характер — изворотливый, осторожный. В русских говорах слово «карсак» тоже встречается, но как заимствование из тюркских наречий, и означает оно ту же небольшую лису.

Есть и другая, менее распространённая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с диалектным глаголом «карсать» — в некоторых говорах так говорили о скрипучем звуке, о резком движении или о царапанье. Тогда Карсака — человек, который скрипит, шаркает или, образно, «скрипучий» по характеру. Но эта гипотеза слабее, так как глагол редок и плохо засвидетельствован в ономастических источниках.

Фамилия Карсакин — довольно редкая. Она встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — как раз в зоне активных контактов русского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает тюркскую основу: прозвище Карсака могли дать в смешанной среде, а затем оно перешло в русскую фамилию. Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, но в архивных записях XIX века Карсакины упоминаются среди крестьян и мещан Оренбургской и Уфимской губерний.

По суффиксу фамилия типично русская, по корню — скорее всего тюркская. Такое сочетание не редкость: многие русские фамилии (например, Булгаков, Турчанинов, Татаринов) построены по тому же принципу — славянский суффикс на иноязычной основе. Карсакин стоит в этом ряду, только прозвище взято не от народа, а от зверя, хорошо знакомого жителям степей.