Фамилия Карсекин — редкий случай, когда корень почти наверняка не славянский, а тюркский или кавказский. Основа «Карсек» или «Карсак» встречается в нескольких языках, и у каждой версии своя логика.

Самый прямой путь — от тюркского прозвища «карсак»: в казахском и башкирском это слово означает «суслик» или «степной зверёк». Прозвище могли дать юркому, подвижному человеку или тому, кто промышлял охотой на этого зверька. Суффикс «-ин» в русской фамилии типичен для образования от основ на -а, -я: чей? — Карсекин, то есть сын или потомок Карсека. Такая модель характерна для обрусевших тюркских родов, которые переходили на русскую фамильную систему в XVI–XVII веках.

Вторая версия — от имени или прозвища «Карсак» у народов Северного Кавказа. В осетинском языке «карсак» может означать «быстрый», «резкий». Учитывая, что фамилии с суффиксом «-ин» распространены на юге России, в казачьих областях, Карсекины могли быть потомками осетина или кабардинца, принявшего православие и получившего фамилию по отцу.

Менее вероятна, но допустима связь с географическим названием: река Карсак в Оренбуржье или Карсек — село в Казахстане. В таком случае фамилия могла возникнуть у переселенца, которого прозвали по месту выхода.

Фамилия крайне редкая. По открытым данным, её носители живут в основном в Поволжье и на Южном Урале — в зоне давних контактов русских с тюркским и финно-угорским населением. Это подтверждает версию о происхождении из среды обрусевших татар, башкир или казахов. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и казаками — суффикс «-ин» не даёт подсказки, в отличие от «-ский» у дворянских фамилий.