Фамилия Карцин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет распространённого суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не патронимическая фамилия от крестильного имени, а прозвищная, причём, скорее всего, искусственная или книжная. Основа «карц» в русском языке ассоциируется прежде всего со словом «карцер» — помещение для изоляции. Однако связывать фамилию напрямую с тюремным заключением было бы натяжкой: прозвище Карцер или Карцин мог получить человек угрюмый, замкнутый, либо тот, кто работал при карцере (сторож, надзиратель). Но есть и другая, более правдоподобная версия.

В южнославянских языках (сербском, болгарском) слово «карца» означает «корка», «струп», а «карцин» — прилагательное от этой основы. В таком случае фамилия могла возникнуть у выходцев с Балкан как прозвище по внешнему признаку — например, человека с рубцами или кожной болезнью. В русской среде эта версия слабее, но полностью исключать её нельзя: в XIX веке переселенцы из Сербии и Болгарии оседали на юге Российской империи, в Новороссии и Бессарабии.

Третий путь — искусственное происхождение. В духовных семинариях ученикам нередко давали фамилии по латинским корням. Латинское «carcer» (тюрьма, оковы) дало бы форму Карцеров или Карцериус, но вариант Карцин мог возникнуть как сокращение или искажение. Впрочем, для семинарской фамилии это слишком мрачная основа — обычно брали что-то благозвучнее (Розов, Сперанский). Поэтому версия с прозвищем выглядит надёжнее.

Суффикс -ин в фамилии Карцин — типичный русский притяжательный формант, но здесь он присоединён не к имени, а к прозвищу на -ц: Карца → Карцин. По такой же модели образованы фамилии Птицын (от птица), Скорпин (от скорпей — скупец). Географически Карцины встречаются единично — в основном в центральных областях России и на Дону, что подтверждает прозвищное, а не национальное происхождение. В дореволюционных метриках эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке.

Таким образом, носитель фамилии Карцин, скорее всего, потомок человека, получившего прозвище за характер («замкнутый, как в карцере») или за профессию, связанную с изоляцией. Балканский след возможен, но менее вероятен из-за отсутствия массовой миграции. Точнее сказать трудно: фамилия настолько редкая, что её история остаётся делом гипотез, а не документов.