Фамилия Касушкин — редкий случай в русском ономастиконе, где суффикс -ин присоединён к основе, которая сама по себе звучит нехарактерно для славянского уха. В ней нет привычного корня, связанного с ремеслом, животным или крестильным именем. Чтобы понять её происхождение, стоит разобрать не только морфологию, но и возможные диалектные или заимствованные пути появления.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Касушки» или «человек из дома Касушки». Основа «Касу-» может быть усечённой формой личного имени, прозвища или географического названия. Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «касый», которое в некоторых говорах (особенно северо-западных и псковских) означало «косой», «кривой» или «одноглазый». В таком случае Касушка — это уменьшительно-ласкательное прозвище человека с косоглазием или просто с «непрямым» взглядом. Параллель здесь — фамилии Касаткин, Касатый, но с другим суффиксом.

Менее очевидный, но тоже допустимый вариант — происхождение от тюркского корня «кас» (бровь, веко) или «касы» (зима, холод). Если предки Касушкиных жили на южных или восточных рубежах России, где был контакт с тюркскими народами, прозвище могло возникнуть как описание внешности (густые брови) или даже как искажённое татарское имя, например, Касым (ср. Касымов). Однако в этом случае фамилия скорее писалась бы через «ы» — Касышкин, поэтому версия с «касым» менее убедительна.

Третий путь — от названия реки или местности. В бассейне Днепра и Припяти есть река Касуша (приток Сожа), а в Белоруссии — деревня Касута. Житель такой местности мог получить прозвище Касушка, а его потомки — фамилию Касушкины. Подтверждением служит географическая привязка: по данным переписей и архивов XIX века, фамилия Касушкин встречается в основном в западных губерниях — Смоленской, Витебской, Могилёвской, что совпадает с ареалом реки Касуши.

Социальный состав носителей был преимущественно крестьянским и мещанским. В метрических книгах конца XIX века Касушкины числятся государственными крестьянами и однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий без патронимического суффикса -ов.

Итог: скорее всего, фамилия Касушкин произошла от прозвища Касушка — «косой» или «кривоглазый» человек, образованного через диалектное слово «касый». Западное происхождение (Смоленщина, Белоруссия) и связь с гидронимом Касуша — вторая по вероятности гипотеза. Тюркские корни возможны, но менее обоснованы из-за нестыковки в написании и ареале бытования.