Фамилия Каукаков — редкий случай, когда географическая привязка перевешивает прозвищную. Скорее всего, в её основе лежит не личное имя, а название реки Кауки в Южной Америке. Вторая по длине река Колумбии дала фамилию не индейцам, а русским переселенцам: в конце XIX — начале XX века несколько волн эмигрантов, в том числе старообрядцев, оседали в труднодоступных районах долины Кауки. Фамилия Каукаков могла закрепиться за теми, кто вернулся на родину или сохранил прозвание «каукак» — человек с берегов Кауки.

Модель образования простая: суффикс -ов указывает на принадлежность, а основа Каукак — это адаптированное на русский лад название реки. Аналогично появились фамилии Амурский, Волгин, Дунаев, но Каукаков выделяется тем, что корень не славянский и не тюркский, а заимствованный из языков чибча. В документах начала XX века встречается вариант Каукаковъ, что подтверждает его позднее оформление — фамилия молодая, не старше 150 лет.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «каукать» — издавать звук, напоминающий крик канюка или выпи. В некоторых говорах так называли человека с хриплым голосом. Но эта гипотеза слабая: глагол редкий, а суффикс -ак в прозвищах (вроде Кричак, Шумяк) обычно даёт фамилии на -аков (Кричаков), а не на -каков. Кроме того, в русских говорах нет устойчивой основы «каук» со значением «крикун».

Фамилия крайне редкая. По переписям и телефонным справочникам, основные носители живут в Ставропольском крае и Ростовской области — регионах, куда в начале XX века активно переселялись возвращенцы из Латинской Америки. Встречается и в Казахстане, среди потомков ссыльных старообрядцев. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или казачья фамилия, возникшая вне официального сословного деления.