Фамилия Каупис — один из тех случаев, когда за коротким звучанием стоит сразу два возможных занятия предка, и оба связаны с землёй. Если отталкиваться от литовского глагола kaupti («окучивать, мотыжить»), то перед нами типичное профессиональное прозвище человека, который работал в поле: крестьянин-земледелец, вручную обрабатывавший почву. Но есть и вторая версия, не менее конкретная: основа kaupas в литовском языке означает «куча корнеплодов, картофеля, сложенная на земле и укрытая для длительного хранения» (то же, что и «бурт»). В таком случае прозвище Каупис мог получить не пахарь, а тот, кто растил и продавал овощи — крестьянин, у которого на поле или во дворе стояли такие укрытые бурты.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу выдает её балтийское происхождение. Окончание -ис характерно для литовских фамилий в именительном падеже мужского рода. Фамилия могла войти в русский обиход либо через смешанные браки, либо в результате миграции литовских крестьян в соседние губернии.

Любопытно, что обе версии не противоречат друг другу по социальному срезу: и окучивание, и хранение урожая — занятия одного круга, крестьянского. Это не дворянская фамилия и не книжная, а бытовая, народная, рождённая в хозяйственном укладе. Встречается она редко, в основном на территории исторической Литвы и Беларуси, а также в сибирских регионах, куда переселенцы увозили свой говор и прозвища.

Если выбирать более правдоподобную версию, то глагол kaupti — более активное действие, от которого чаще давали прозвища (человек-«окучиватель», работящий). Однако существительное kaupas тоже могло закрепиться как прозвище — по характерной детали хозяйства. В любом случае, корень у фамилии один — земледельческий, и носитель Каупис с высокой вероятностью происходит из крестьянской среды балтийского региона.