Фамилия Кайнара — один из тех случаев, когда русская по звучанию фамилия ведет начало от тюркского корня. По той же модели образованы известные дворянские фамилии: Тургенев (от прозвища Турген — «быстрый, скорый»), Аксаков (от Аксак — «хромой»), Булгаков (от Булгак — «беспокойный»). Основа здесь — древнетюркское нарицательное «кайнар», то есть «ключ, источник, родник».

Скорее всего, фамилию дали по месту жительства. Так могли назвать человека, чей дом стоял у родника. Само именование Кайнар могло быть как личным именем, так и прозвищем, но в обоих случаях оно указывало на природный объект. Компонент –а на конце — украинский суффикс принадлежности, характерный для адаптированных фамилий. То есть Кайнара — это потомок того, кого звали Кайнар.

Фамилия редкая, но не единичная. В Книге памяти Свердловской области есть запись об Алексее Никитьевиче Кайнара, 1905 года рождения, уроженце хутора Черниговский Миллеровского района Ростовской области. Эта запись подтверждает, что фамилия бытовала в среде донских и украинских переселенцев, где тюркские заимствования смешивались с местными суффиксальными моделями.