Фамилия Каинара, скорее всего, образована от имени Каинар. Оно берет начало от древнетюркского нарицательного «кайнар» со значением «ключ, источник». Возможно также, что фамилия Каинара образована от прозвища Каинар, имеющего ту же этимологию, что и имя. Вероятно, именование Каинар указывает на место, где жил человек. Так могли назвать того, чей дом располагался рядом с родником. Компонент –а является украинским суффиксом принадлежности. Он часто используется в адаптированных фамилиях. Не исключено, что прозвище Каинара восходит к топониму Каинары. Так называется город, расположенный в Каушанском районе Молдавии. Можно предположить, что прозвище Каинара получил выходец из этого города. Таким образом, потомок человека, которого звали Каинар, со временем получил фамилию Каинара.