Фамилия Каинева — женская форма, мужской вариант — Каинев. В основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Каин. Связь с библейским Каином, первым убийцей, напрашивается, но вряд ли прямолинейна. На Руси не боялись давать «отрицательные» имена: считалось, что такое имя отведет злую судьбу или, наоборот, сделает ребенка неуязвимым для зла. Каин, как и Иуда, встречается в древнерусских актах в качестве личного имени, а не бранного слова.

Однако возможна и другая, менее очевидная версия — от тюркского корня. В тюркских языках есть слово «каин» (родственник по браку, свояк) или «кайын» (береза). В таком случае фамилия могла принадлежать человеку, чей предок носил прозвище Каин по родственной связи (например, «сват» или «шурин») или по месту жительства у березовой рощи. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования — «чей?» — то есть потомок Каина. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о тюркском следе: в этих регионах смешение русского и тюркского населения давало такие необычные словоформы.

Третий, маловероятный вариант — от глагола «каять» (укорять, сожалеть). Тогда Каинева могла означать «дочь того, кто постоянно кается», но это уже народная этимология: глагол дал бы скорее фамилию Каяев или Каев, а не Каинев. Таким образом, наиболее правдоподобно, что фамилия восходит либо к охранительному личному имени Каин, либо к тюркскому прозвищу, адаптированному русским суффиксом.