Фамилия Кайнова чаще всего — фонетический вариант фамилии Койнова, и её ядро уходит корнями в финно-угорскую среду, а именно к древнему имени Коин. У манси и других народов этой языковой группы Коин означало «волк». Волк был тотемным животным, и, давая сыну такое имя, родители как бы передавали ему силу и отвагу зверя. Это имя встречается в документах уже в XVII веке: в ясачной книге Верхотурского уезда 1626 года записан манси Коин Нергиев, живший на реке Ляле. Фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе имени или прозвища добавили суффикс принадлежности -ов, и человек из рода Коина стал Кайновым.

Однако, если фамилия произносится с ударением на первый слог (Кáйнова), в игру вступает другая версия. В этом случае в основе может лежать прозвище Кайн, которое выводят из древнетюркского слова «каен» — «береза». Так могли прозвать человека, жившего у березовой рощи или выделявшегося статью, подобной этому дереву. Есть и третья, менее вероятная гипотеза, связывающая прозвище с калмыцким «кайна» — «кумысная водка». Если она верна, то предок мог быть изготовителем этого напитка или содержать заведение, где его подавали.

История фамилии прослеживается по документам довольно рано. Перепись 1670–1671 годов уже фиксирует крестьян Василия Павловича Кайнова с сыновьями и Лариона Павловича Кайнова, которые родились в Чарондском округе, а жили в Камышловской слободе. Позже носители фамилии встречаются в Памятных книгах разных губерний. В Книгу памяти Чувашской Республики внесен священник Иван Степанович Кайнов (1884 г. р.) из села Алгаши. В Саратовской области отмечен Петр Викторович Кайнов (1905 г. р.) из деревни Павловка, а в Свердловской — Александр Дмитриевич Кайнов (1915 г. р.) из села Нижняя Синячиха.

Отдельного внимания заслуживает купеческий старообрядческий род Кайновых. На его эмблеме изображен мощный дикий бык — символ силы и независимости. Потомком этого рода был известный саратовский меценат Виктор Яковлевич Кайнов. Таким образом, за фамилией стоит не один, а несколько возможных корней — от финно-угорского «волка» до тюркской «березы», — и каждый из них открывает свою страницу истории предков.