Фамилия Кайновы — один из тех родовых имен, в которых переплелись финно-угорские, тюркские и русские традиции. В основе чаще всего лежит древнее финно-угорское имя Коин, означающее «волк». У манси и других народов волк был тотемным зверем, и имя давали мальчику, чтобы тот рос сильным и смелым под покровительством хищника. В ясачной книге Верхотурского уезда за 1626 год упоминается манси Коин Нергиев с реки Ляли — прямое свидетельство бытования этого имени в XVII веке.

Фамилия Кайнов — фонетический вариант фамилии Койнов. При переходе в русскую среду имя Коин обрастало типичным суффиксом принадлежности -ов, и человек из рода Коина становился Кайновым. Перепись 1670–1671 годов уже фиксирует крестьян Василия Павловича Кайнова с сыновьями и Лариона Павловича Кайнова с сыновьями в Камышловской слободе, выходцев из Чарондского округа. Это указывает на раннее закрепление фамилии в северных и уральских землях.

Если ударение в фамилии падает на первый слог, возможна иная версия: от прозвища Кайн, восходящего к древнетюркскому «каен» — «береза». Так могли назвать человека, жившего у березовой рощи. Менее вероятна, но интересна связь с калмыцким «кайна» — «кумысная водка»: тогда прозвище мог получить изготовитель напитка или содержатель трактира.

В истории России известен купеческий старообрядческий род Кайновых, чья родовая эмблема изображала дикого быка. Потомок этого рода — саратовский меценат Виктор Яковлевич Кайнов. В Книгах памяти разных областей сохранились сведения о священнике Иване Степановиче Кайнове (1884 г.р., Чувашия), Петре Викторовиче Кайнове (1905 г.р., Саратовская область) и Александре Дмитриевиче Кайнове (1915 г.р., Свердловская область). Эти записи показывают географию фамилии от Поволжья до Урала. Точное время и место возникновения каждой конкретной ветви Кайновых требует отдельного генеалогического исследования.