Фамилия Кайниденов редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или имени, в основе которого лежит тюркский корень. Разберём слово по частям.

Корень «кайни» (или «кайын») в тюркских языках означает «родственник со стороны жены», «шурин» или «свояк». В казахском, башкирском, татарском языках слово «кайын» (ҡайын) обозначает брата жены. Суффикс «-ден» может быть частью сложного имени или прозвища, указывающего на принадлежность: «кайниден» — буквально «из рода кайни», «относящийся к шурину». Русский патронимический суффикс «-ов» в конце просто «обрусел» фамилию, превратив её в стандартную русскую модель.

Вероятно, предок носителя этой фамилии получил прозвище Кайниден (или имя Кайниден) по родственной связи: дед или отец был известен как «шурин» (брат жены) для кого-то в округе. Такие прозвища по свойству — не редкость у тюркских народов: человека могли называть не по его имени, а по положению в семье (например, «зять», «сват»). Со временем прозвище закрепилось за родом, а при переходе в русскую среду (например, при переписях или переселении) получило окончание «-ов».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Казахстане есть топонимы Кайынды (от «кайын» — берёза), но форма «Кайниден» для названия места нехарактерна. Спорных версий немного: попытки вывести корень из арабского «каин» (плотник) или русского «кайма» не выдерживают критики, так как суффикс «-ден» для этих языков чужд.

Фамилия бытует в основном в среде поволжских татар, башкир и казахов, но встречается и у русских, что указывает на ассимиляцию в XIX–XX веках. Сословной привязки нет: Кайниденовы могли быть и крестьянами, и казаками. Точных данных о древности фамилии нет, но её структура (тюркская основа + русский суффикс) типична для второй половины XIX века, когда массово закреплялись фамилии у нерусских народов империи.