Фамилия Каюткин образована от прозвища Каютка. Оно, в свою очередь, произошло от слова «кайка», которое ведет свое начало от глагола «каяться» - «сознавать проступок свой; жалеть о том, что сам сделал; корить самого себя, со смирением; сознаваться кому в своих грехах». Таким образом, можно предположить, что основатель рода получил прозвище по причине особенностей своего характера. Скорее всего, он очень любил ходить каяться, постоянно бичевал и корил себя за совершенные ошибки. Существует множество поговорок с этим словом: «каяться кайся, да за старое не принимайся», «каялась лиса, исповедалась лиса, и заговелась!», «не кайся, рано вставши, а кайся, рано женившись», «доброму делу не кайся», «сделав добро, не кайся», «во сне Бога молит, во хмелю кается», «покаялся, да не воротишь». Так и прозвище Каютка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Каюткин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Каютка, со временем получил фамилию Каюткин.