Фамилия Кекулиди — один из тех случаев, когда суффикс сразу выдает происхождение. Окончание -иди (или в более русифицированном варианте -идис) — это характерный греческий патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». Такие фамилии массово принесли в Россию греки, переселявшиеся из Османской империи в Причерноморье, Крым и на юг Украины в XVIII–XIX веках. Так что носитель Кекулиди — почти наверняка потомок греческого переселенца.

Основа фамилии — Κεκούλης (Кекулис). В греческом языке это слово не имеет однозначного толкования, но наиболее вероятная версия связывает его с диалектным κουκούλι (кукули) — «кокон» или «куколка» (насекомого). Прозвище Кекулис мог получить ткач, работавший с шелком, или человек, занимавшийся разведением шелкопряда. В греческих общинах Малой Азии и Понта шелководство было распространенным ремеслом, так что профессиональная версия выглядит убедительнее, чем редкое личное имя.

Менее вероятно, но допустимо, что в основе лежит турецкое слово kökül — «корень» или «род», заимствованное греками. Однако в греческой ономастике такая модель нетипична, и связь с ремеслом остается приоритетной.

В России фамилия Кекулиди встречается в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму — там, где селились греки. Встречаются варианты написания: Кекулидис, Кекулиди, а также русифицированная форма Кекулидзе (под влиянием грузинского суффикса, но это уже другая ветвь). Сословно предки были, скорее всего, мещанами или купцами — греки в Российской империи часто занимались торговлей и ремеслами, реже земледелием.

Если коротко: фамилия Кекулиди — греческая, образована от прозвища по профессии (шелковод или ткач), с суффиксом «сын такого-то». Пришла в Россию с переселенцами из Османской империи и закрепилась в южных регионах.