Фамилия Кекулов ведет начало от прозвища Кекул. В основе лежит тюркское слово, означающее «чуб» или «чубчик»: в киргизском — «кекул», в казахском — «кекил», в азербайджанском — «кякил», в узбекском — «кокил». К этому же смысловому гнезду восходит и русское «хохол». Прозвище Кекул, скорее всего, получил человек с заметным чубом на голове — то есть фамилия отражала внешнюю особенность предка.

По своей словообразовательной модели фамилия Кекулов относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий. Суффикс -ов указывает на русскую патронимическую форму, характерную для фамилий, которые образовывались от прозвищ и имен тюркского происхождения. Такая модель была особенно типична для народов Поволжья, Приуралья и Сибири, где длительное время жили бок о бок русские и тюркские народы. Фамилия Кекулов могла закрепиться как у татар, башкир, так и у русских, в чьих родословных были тюркские корни. В любом случае, она — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности, стало наследственным родовым именем.