Фамилия Кельины — одна из тех, что вызывает несколько версий происхождения, и все они имеют право на существование. Самая прямая и очевидная отсылает к слову «келья»: в монастырском обиходе это отдельная комната монаха, а в народных говорах так могли называть и небольшую отдельную избу. Отсюда прозвище Келья, которое дали либо человеку, любившему уединение и жившему замкнуто, либо — что не менее вероятно — плотнику, который как раз такие избы и строил. У прозвищ, образованных от названий построек, часто встречается «профессиональный» след, и Кельин здесь не исключение.

Менее очевидная, но тоже возможная версия — происхождение от редкого крестильного имени Кельсий (с латинского — «возвышенный»). В быту имя могли сокращать до Келья, и тогда фамилия оказывается не от прозвища, а от канонического церковного имени, хоть и нечастого. Есть и совсем далёкая гипотеза, связывающая фамилию с немецким словом «kiel» (киль судна). По этой версии, предок Кельиных мог быть моряком или корабелом, но звучит она наименее убедительно: в русской ономастике немецкое влияние на фамилии с суффиксом -ин встречается редко, и для такого сценария нет серьёзных исторических оснований.

Фамилия Кельины — с суффиксом -ин, что характерно для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кельин — сын Кельи. Встречается фамилия не повсеместно, а скорее в центральных и северных областях России, где монастырская культура и соответствующие прозвища были особенно распространены. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но модель образования типична для XVI–XVII веков, когда активно формировался основной массив русских фамилий.