Фамилия Кельин — одна из тех, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько версий происхождения, и ни одну нельзя отбросить с порога. Начать стоит с самого прямого пути: от слова «келья». В древнерусском языке и народных говорах так называли не только монашескую комнату, но и вообще небольшую отдельную избу. Человек, получивший прозвище Келья, мог быть строителем таких домов — это тяготеет к «профессиональным» именованиям, которые часто ложились в основу фамилий. Но прозвище могло пристать и по характеру: если кто-то сторонился людей, жил уединённо, его в насмешку или с уважением называли Кельей.

Вторая версия — антропонимическая, и она не менее весома. Фамилия могла образоваться от уменьшительной формы редкого крестильного имени Кельсий (от латинского celsus — «возвышенный»). В быту длинные и непривычные церковные имена часто сокращали: Кельсий превращался в Келью, а его дети становились Кельиными. Такая модель — от имени через прозвище к фамилии — для русских фамилий обычна, и здесь она выглядит правдоподобнее, чем «строительная» гипотеза.

Существует и третье предположение, совсем иного корня: немецкое Kiel — «киль корабля». Если предок носителя фамилии был моряком или судостроителем, его могли прозвать по детали судна. Однако эта версия слабее: фамилия Кельин встречается в русских документах, а не в немецких, и суффикс -ин указывает на типично русскую модель принадлежности («чей?» — Кельин). Немецкие фамилии с таким значением обычно оканчиваются иначе.

Географически фамилия не привязана к одной области: Кельины встречаются и в центральных регионах России, и на Урале. Суффикс -ин говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где было принято называть по отцу или хозяину: «Кельин сын» или «Кельин работник». Это ставит её в один ряд с тысячами других русских фамилий, образованных от прозвищ и имён на -а/-я.

Из всех версий самой надёжной остаётся связь с именем Кельсий: она опирается на реальную ономастическую традицию, а не на бытовую догадку. Впрочем, окончательный ответ для конкретной семьи может дать только изучение родословной — в каком регионе жили предки и каким ремеслом занимались.