Фамилия Кеньё — редкий пример, когда русская фамилия по форме звучит как французская, но по происхождению почти наверняка своя, восточнославянская. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Кеньё. Фамилия образована от прозвища Кень, а суффикс -ёв (в диалектном произношении — -ё) указывает на принадлежность: «сын Кеня» или «из рода Кеня».

Основа прозвища Кень восходит к древнерусскому слову «кень» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли пень, обрубок дерева, а также короткую колоду или чурбан. Прозвище могли дать коренастому, приземистому человеку, либо тому, кто работал с деревом — лесоруб, плотник, бондарь. Вторая, менее вероятная версия — от диалектного «кенькать» (ныть, канючить), тогда прозвище носило бы поведенческий оттенок.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Уралу: в переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с фамилией Кенев (в Вятской, Пермской губерниях). Форма Кеньё — результат местного оканья или аканья, когда суффикс -ев на письме закрепился как -ёв, а потом и вовсе редуцировался до -ё. В писцовых книгах можно найти варианты Кенев, Кенёв, Кеньё — все они звенья одной цепи.

Сходные по модели фамилии (Копьё, Ружьё, Перьё) обычно тоже имеют прозвищное происхождение, а не французские корни. Дворянского сословия за этой фамилией не числится — это крестьянская или мещанская фамилия, что типично для прозвищ от бытовых реалий. Встречается она крайне редко, в основном в центральной России и Зауралье, и до сих пор сохраняет связь с говором своих предков.