Фамилия Кенекбаев образована от тюркского имени Кенекбай, которое, скорее всего, восходит к двум татарским именам: Канак и Бай. Имя Канак в переводе на русский язык означает «сладкий, любимый, доставляющий радость ребенок», а имя Бай - «богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Согласно этому, можно предположить, что имя Кенекбай родители дали долгожданному, желанному ребенку. Таким образом, потомок человека, которого звали Кенекбай, со временем получил фамилию Кенекбаев.