Фамилия Кения — редкий случай, когда географическое название стало фамилией напрямую, без промежуточного прозвища. В русской традиции так обычно не делали: фамилии от названий стран и городов образовывали через суффиксы (Кенский, Кеницын) или давали человеку, побывавшему в тех краях. Но здесь мы видим чистую основу, без изменений. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть не в крестьянской или купеческой среде, а в среде, где знание географии было обычным делом — например, у семинаристов. В духовных училищах нередко давали «искусственные» фамилии по библейским или географическим названиям, и Кения (как африканская страна, известная с XIX века) вполне могла стать такой «книжной» фамилией.

Вторая версия, более прозаичная, отсылает к диалектному слову. В русских говорах «кень» или «кеня» означало нечто маленькое, незначительное, иногда — прозвище для ребенка или младшего в семье. Если фамилия образовалась от такого прозвища, то суффикс -ия здесь необычен — обычно в русском языке прозвища на -я давали суффикс -ин (Кенин). Но форма Кения могла закрепиться в результате ошибки писаря или под влиянием моды на «благозвучные» окончания в XIX веке.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и Украине, что косвенно поддерживает версию о семинарском происхождении — именно там были сильны духовные училища. Однокоренных фамилий (Кенский, Кенин, Кеня) известно больше, но Кения стоит особняком из-за своего «иностранного» звучания. Споров среди ономастов нет: фамилия настолько редкая, что её не включают в основные словари. Наиболее правдоподобной выглядит версия с искусственным образованием — слишком уж точно она совпадает с названием африканской страны, которое вошло в русский язык как раз в период активного формирования фамилий у духовенства.