Фамилия Ксения — редкий случай, когда за основу взято полное личное имя, а не его уменьшительная форма. В большинстве русских фамилий от женских имён использовались прозвищные варианты (Ксюша, Ксеня), но здесь перед нами прямая фиксация канонического имени Ксения в роли прозвища или, что вероятнее, фамилии, образованной без типичного суффикса. Такая модель встречается в основном у непривилегированных сословий: крестьяне или однодворцы могли получить фамилию просто по имени матери или жены, без добавления -ов/-ев, -ин. Это так называемые «полуфамилии» или «фамилии-прозвища», которые закреплялись в документах XVII–XIX веков.

Само имя Ксения — древнегреческого происхождения, от слова xenia — «гостеприимство», «гостья», «странница». В православной традиции оно связано с преподобной Ксенией Миласской (Римляныней) и блаженной Ксенией Петербургской. Если фамилия образована от имени, то предок-носитель мог быть сыном или мужем женщины по имени Ксения, но в форме без суффикса это скорее указывает на прямое прозвище: человека могли звать просто Ксения — либо в насмешку, либо по какой-то бытовой ассоциации.

Географически фамилия Ксения встречается крайне редко и преимущественно в южнорусских и украинских областях, где была распространена традиция бессуффиксных фамилий от женских имён (сравните: Наталья, Мария, Ульяна). В центральной и северной России такие формы почти не фиксируются. По переписям XIX века, носители фамилии Ксения отмечены в Курской и Воронежской губерниях, что подтверждает её локальный характер.

Словообразовательный разбор прост: основа — имя Ксения, окончание -я остаётся неизменным, фамилия склоняется как существительное женского рода (Ксении, Ксению). В мужском варианте фамилия звучала бы так же, что нетипично для русского языка, но встречается в единичных случаях. Это могло приводить к путанице в документах: женщина и мужчина с одной фамилией числились одинаково, пока в советское время не начали массово добавлять окончания.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ксюнин, Ксенов, Ксеничев — показывает, что вариант Ксения остался архаичным. Он не дал продуктивных суффиксальных форм, что говорит о его раннем закреплении и малой распространённости. Если ваша фамилия Ксения, то, скорее всего, предки жили в чернозёмной полосе России и не принадлежали к дворянству — фамилия не имела «благородного» суффикса -ский, который указывал бы на шляхетское происхождение. Это простое именование по женскому имени, сохранившееся в неизменном виде.