Фамилия Керпе — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет общеупотребительного слова «керп» или «керпа», поэтому искать основу стоит за пределами великорусских говоров. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из тюркских или финно-угорских языков.

Наиболее вероятная версия связывает Керпе с тюркским корнем «керп» — «крепкий, твёрдый, упругий». В казахском, башкирском и татарском языках слово «керпе» (или близкое «керпек») означает «репейник», «колючка» или «щетина». Прозвище Керпе могли дать человеку с жёсткими, торчащими волосами, похожими на репей, либо неуступчивому, «колючему» по характеру. В этом случае фамилия образована по простой модели: прозвище перешло в фамилию без суффикса, что типично для украинской и южнорусской традиции (сравните: Шевченко, Коваль, Керпе).

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от финно-угорского «kerpe» (карельское, вепсское) в значении «кожа», «шкура» или «обувь из сыромятной кожи». Тогда предок мог быть кожевником, сапожником или просто носить характерную обувь. География фамилии это косвенно подтверждает: Керпе встречается в Прибалтике, Ленинградской области и в среде поволжских татар, где смешались тюркские и финские влияния.

Фамилия не имеет уменьшительных или «дворянских» суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), что указывает на позднее закрепление в паспортной системе — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам и мещанам записывали фамилию прямо по прозвищу без изменений. Встречается она редко, в основном на западе России, в Прибалтике и у татар. Известных носителей фамилии в публичном поле нет, что неудивительно: Керпе — не громкая фамилия, а локальное прозвище, застывшее в документах.