Фамилия Керме — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Если отбросить маловероятные версии о заимствовании из французского (kermesse — «ярмарка») или немецкого (Kermes — «червец, кошениль»), остаётся наиболее правдоподобное объяснение: фамилия образована от прозвища или имени Керме, которое могло быть вариантом тюркского имени Кермес (буквально «не придёт, не появится»). У тюркских народов такие имена-обереги давали детям, чтобы уберечь их от злых сил или болезней: считалось, что если имя означает «не придёт», то и беда к ребёнку не придёт.

Суффикса в фамилии нет — она застыла в форме чистой основы, что нетипично для русских фамилий, но встречается у фамилий тюркского, кавказского или финно-угорского происхождения. В русской среде такая форма могла возникнуть при переселении носителя в русскоязычную среду: прозвище Керме просто перешло в фамилию без добавления -ов, -ев или -ин. Это говорит о том, что предок, скорее всего, не был крепостным крестьянином центральной России, где фамилии оформляли по стандартной модели, а принадлежал к окраинным группам населения — казакам, однодворцам, или был выходцем из Поволжья, Приуралья, Сибири, где тюркские имена переходили в фамилии в упрощённом виде.

География фамилии подтверждает эту версию. Керме встречается в основном в южных и восточных регионах бывшей Российской империи: в Астраханской губернии, на Урале, у оренбургских казаков. Есть единичные записи в польских и литовских метриках — там фамилию могли записать от литовского kermė («гниль, труха») или от названия ремесла (керме — «кожевник» на некоторых балтийских диалектах), но это локальные варианты, не объясняющие основного массива носителей.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия стоит особняком: в ней нет ни патронимического суффикса, ни типичного для русских фамилий окончания. Это указывает на то, что её носители, вероятно, не были частью великорусского крестьянского сословия, где фамилии унифицировались по модели «имя/прозвище + -ов/-ин». Скорее всего, предок Керме был человеком служилым или вольным переселенцем, получившим фамилию по имени, данному при рождении, и сохранившим её в первозданном виде.