Фамилия Хафусов — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени через тюркское посредничество. В основе лежит арабское имя Хафиз (حافظ), что значит «хранитель», «защитник», «тот, кто знает Коран наизусть». Однако в русском написании произошёл фонетический сдвиг: конечный звук «з» перешёл в «с» (Хафус вместо Хафуз), а суффикс -ов оформил фамилию по русской патронимической модели.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к татарскому имени Хафус, которое является диалектной формой того же Хафиза. В тюркских языках (особенно в казанско-татарском и башкирском) арабские имена нередко упрощались: конечный «з» оглушался или заменялся на «с» под влиянием местной фонетики. Так, например, имя Рафик могло дать Рафис, а Хафиз — Хафус. Фамилия Хафусов, скорее всего, и означает «сын Хафуса» или «потомок Хафуса».

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Среди русских фамилий она почти не встречается; это характерный признак фамилии татарского или башкирского происхождения, адаптированной к русской грамматике через суффикс -ов. Основатель рода мог быть муллой, учителем или просто человеком, получившим имя в честь хранителя Корана — в мусульманской среде имя Хафиз всегда было почётным.

Встречается также вариант написания Хафусов с ударением на первый слог (Хафусов) — это указывает на то, что исходное имя Хафус, а не Хафиз. Если бы фамилия происходила напрямую от Хафиза, мы бы ожидали форму Хафизов (такая тоже существует, но гораздо реже). Таким образом, Хафусов — не простая русификация, а свидетельство живого фонетического изменения в тюркской среде.

Сведений о дворянском происхождении или массовом бытовании фамилии в дореволюционных источниках нет — это фамилия преимущественно крестьянская или мещанская, что типично для поздних патронимов, оформленных в XIX — начале XX века при переписях населения.