Фамилия Хакан встречается редко, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. В отличие от большинства русских фамилий, которые образуются от крестильных имён или прозвищ с помощью суффиксов -ов/-ев, Хакан не имеет такого форманта. Это «чистая» основа, которая в русском языке не склоняется как типичная фамилия-прилагательное, а ведёт себя как существительное. Такая модель указывает на сравнительно позднее вхождение в русский обиход или на нерусское происхождение носителей.

Слово «хакан» — это древний тюркский титул, означающий «владыка», «правитель», «хан ханов». В русских летописях он известен в форме «каган» (например, «каган русов»). Таким образом, фамилия Хакан могла возникнуть двумя путями. Первый — прозвище. В тюркской среде прозвища, данные по знатному или властному предку, были распространены: человека, обладавшего властным характером или занимавшего видное положение, могли в шутку или всерьёз назвать Хаканом. Второй путь — искусственное образование фамилии при получении паспорта в XX веке, когда за основу брали родовое имя или прозвище без изменений.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически сильны тюркские языки: Татарстан, Башкортостан, Кавказ, а также страны Средней Азии. В русском контексте она почти не встречается у потомков крестьян центральных губерний. Поскольку фамилия не прошла стандартную русификацию через суффиксы, её носители, скорее всего, сохраняли культурную или языковую связь с тюркским миром.

Встречаются варианты написания с одной «к» (Хакан) или с удвоенной (Хаккан), но оба восходят к одному корню. В ономастических словарях эта фамилия не описана подробно, но её значение прозрачно: она прямо указывает на титул, а не на ремесло или географическое название. Поэтому для человека с фамилией Хакан можно с уверенностью сказать, что его предки жили в среде, где тюркские языки и титулы были в ходу, а сама фамилия — это отголосок степной иерархии, закрепившийся в роду.