Фамилия Хахлунов — это не самостоятельное имя, а фонетический вариант более распространенной фамилии Хохлунов. Такая замена «о» на «а» в первом слоге — типичное явление для русских говоров с аканьем, где безударная «о» произносится как «а». Поэтому, когда носитель фамилии переезжал в регион с акающим произношением или писарь записывал фамилию на слух, в документах закреплялась форма «Хахлунов». По сути, обе фамилии имеют одну основу и одно значение.

Исходная фамилия Хохлунов образована от прозвища Хохлун. В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даль определяет слово «хохол» как «чуб, клок волос на голове; взбитые вверх волосы надо лбом». Следовательно, прозвище Хохлун, скорее всего, указывало на особенность прически: человек носил заметный чуб или взбивал волосы надо лбом. Такие прозвища по внешнему виду были широко распространены на Руси.

Существует и вторая версия, менее очевидная, но тоже правдоподобная. Прозвище Хохлун могут связывать с глаголом «хохлиться», то есть «надуваться, хмуриться». В этом случае прозвище отражало бы не внешность, а характер: серьезного, сурового или угрюмого человека. Выбрать между этими версиями сложно, но первая — о прическе — выглядит более естественной, поскольку прозвища по внешним признакам давались чаще, чем по манере поведения.

Родственные именования встречаются в исторических документах. С. Б. Веселовский в своих работах по ономастике упоминает князя Юрия Васильевича Хохла Мещерского (середина XVI века), Алексея Харлампьевича Лопака Хохлова (конец XVI века, Новгород) и князя Александра Ивановича Хохолка Ростовского (начало XVI века). Эти записи подтверждают, что прозвища, образованные от слова «хохол», бытовали в среде и знати, и простых людей. Потомок человека с прозвищем Хохлун со временем получал фамилию Хохлунов, которая в акающих говорах превращалась в Хахлунов.